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정기 세무조사, 4월부터 납세자가 원하는 시기에 받는다

· 2026.04.02 13:16 ·수정 2026.04.02 13:52 · 조회 3

국세청 정기 세무조사, 4 월부터 납세자가 원하는 시기에 받는다 -국세청, 세무조사 패러다임 대전환-

- 임광현 국세청장, 한국경제인협회 간담회에서 세무조사 혁신방안 발표 -

□ 임광현 국세청장은 4월 2일(목) 한국경제인협회 초청 간담회에 참석하여, 중동전쟁 장기화, 글로벌 공급망 재편 등 대외 불확실성으로 인한 기업의 어려움과 건의사항을 청취하였다.

ㅇ 이에 대하여, 국세청은 석유화학 등 중동전쟁으로 위기에 처한 업종에 대한 법인세 납부기한 연장 및 세무조사 착수 보류, 해외진출 기업의 이중과세 해소를 위한 상호합의 회의 활성화 및 양자 교류 확대 등의 지원방안을 제시하였다.

□ 나아가, 이 날 간담회에서 국세청은 기업부담 완화를 위하여 개청 60 주년인 2026년을 세무조사 대전환의 원년으로 선포하고, 세무조사 운영 방식을 근본적으로 혁신하기 위한 방안을 발표하였다.

ㅇ 임광현 국세청장은 “기업의 성장이 곧 경제성장이라는 국민주권정부의 친(親)기업 기조에 발맞춰, 납세자의 관점에서 세무조사를 합리적으로 재설계할 것이며, 특히 정기검진 성격의 정기 세무조사는 납세자가 조사 시기를 직접 선택할 수 있도록 할 것”이라고 밝혔다.

ㅇ 또한, “세무조사에서 주로 검증하는 항목 10개를 공개하여 신고할 때 부터 납세자가 스스로 점검할 수 있도록 지원하고, 세무조사를 받을 때도 관련 자료를 미리 준비할 수 있을 것”이라고 설명했다.

ㅇ 류진 한국경제인협회 회장 역시 “기업에게는 「예측불가능성」이 가장 큰 리스크인데, 조사 시기와 절차를 예측할 수 없으면 부담이 훨씬 가중된다”라며, “이번 혁신방안이 기업하기 좋은 환경을 만드는데 이바지할 것으로 기대한다”고 말했다.

□ 국세청은 기업 사무실에 몇 달씩 머물며 진행하던 조사 관행을 혁파하고, 꼭 필요한 경우에만 기업에 상주하는 「현장 상주조사 최소화」를 작년부터 전격 시행 중이다.

ㅇ 이제 한 단계 더 나아가, 「정기 세무조사 시기선택제」와 「중점검증항목 사전공개」를 실시하여, 기업의 예측가능성을 대폭 제고함으로써 세무 조사의 패러다임을 근본적으로 전환하려 한다.

ㅇ 다만, 이러한 세무조사 혁신은 「조사를 하는 방식」을 납세자 관점에서 재설계하는 것으로, 세무조사의 본질적 기능인 「탈루혐의 검증」은 기존과 같이 엄정하게 진행될 것이다.

□ 이번 간담회에서 발표된 세무조사 혁신방안은 다음과 같다. 1 「정기 세무조사 시기선택제」 전면 시행

□ 그간 주기적으로 검증을 받는 정기 세무조사라 하더라도, 국세청이 조사 시기를 결정하면 납세자는 천재지변 등이 아닌 경우 이를 수용해야 했다. 이에 대해 기업들은 “세무조사를 받더라도 결산・주주총회 등 경영상 중요한 시기는 피했으면 좋겠다”고 애로사항을 토로하기도 하였다.

□ 이제 국세청은 정기 세무조사 대상자가 3개월 내에서 조사 착수 시기를 직접 선택할 수 있도록 하는 시기선택제를 4월부터 전면 시행한다.

ㅇ 정기조사 대상자로 선정된 납세자는 안내문을 받고 3개월 범위 내에서 월 단위(1・2순위)로 조사 시기를 선택할 수 있으며, 실제 조사 착수 20일 전까지 기존과 같이 정식 사전통지도 받게 된다. < 「정기 세무조사 시기선택제」 단계별 흐름 >

ㅇ 이를 통해 기업은 경영상 중요한 시기를 피해 조사를 받을 수 있고, 실제 조사를 받을 때는 세무적 이슈에만 집중할 수 있을 것이다.

□ 이번 조치는 대부분의 기업이 ERP 시스템을 사용하고, 국세청의 과세 인프라도 대폭 발전하여 투명한 자료관리와 검증이 가능해진 상황에서,

ㅇ 그동안 관행처럼 실시하던 세무조사도 납세자의 입장에서 근본적으로 재검토한 것으로, 「국민중심의 세정운영」을 향해 본격적으로 내딛는 첫 걸음이라는 의미를 갖는다. 2 「중점검증항목」 사전 공개

□ 아울러, 국세청은 세무조사 과정에서 반복적으로 과세되는 10개 유형을 「중점검증항목」으로 선정하여 공개하였다.

ㅇ 최근 조사 실적을 분석하여 자주 과세되는 핵심유형을 선별하였으며, 유형별로 유의사항, 실제 과세사례, Q&A 등을 국세청 홈페이지1) 에 공개하고, 조사 착수 시 안내자료2) 로 제공한다.

1) 국세청 홈페이지(www.nts.go.kr) → 국세정책/제도 → 세무조사 제도 → 세무조사 중점검증항목

2) 세무조사 (사전)통지 시 제공되는 「세무조사 가이드북」을 통해 안내 < 중점검증항목 유형 10개 >

※ 상세내용은 (참고3) 중점검증항목 유형 10개 참고

□ 이를 통해 법인세·소득세 신고 시에 스스로 신고 내용을 점검할 수 있고, 세무조사 시에는 주로 검증하는 항목에 대한 관련 자료를 미리 준비할 수 있어 납세자의 부담이 획기적으로 줄어들 것으로 기대된다.

□ 국세청은 작년 시행한 「현장 상주조사 최소화」와 더불어, 「정기 세무조사 시기선택제」, 「중점검증항목 사전공개」를 안정적으로 정착시키고,

ㅇ 아울러, 앞으로도 조세정의 확립을 위해 세무조사는 엄정하게 실시하되, 기업 현장의 목소리를 경청하여 조사방식은 최대한 합리적이고 예측 가능하도록 혁신해 나갈 계획이다.

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