R&D 예산 편성 칸막이 없앤다…기획처-과기부 상설 협의회 신설

국장급 협의체 월 1회 정례적 운영…예산 편성 과정에 상호 참여 확대

기획예산처 · 2026.01.12 14:09 ·수정 2026.01.12 14:09 · 조회 1

기획예산처와 과학기술정보통신부는 올해부터 연구개발(R&D) 예산 협의회를 상설 운영한다. R&D 예산 배분·조정안을 마련하는 과정에서 상호 참여를 확대해 전문성과 재정 효율성을 높이겠다는 계획이다.

기획처와 과기정통부는 기획처 신설을 계기로 R&D 투자의 효율성과 일관성을 높이기 위해 R&D 예산 편성 협력을 강화해 나가기로 했다고 12일 밝혔다.

현재 올해 전체 R&D 예산(35조 5000억 원)의 85.3%를 차지하는 주요 R&D 예산(30조 5000억 원)은 과기부 과학기술혁신본부에서 배분·조정안을 우선 마련해 이를 바탕으로 기획처가 최종 예산안을 편성하는 방식으로 운영하고 있다.

이러한 구조는 R&D 사업의 특수성을 고려한 기술적 검토와 재정적 관점에서의 분석을 동시에 반영할 수 있다는 장점이 있지만, 부처 간 칸막이로 소통이 원활하지 못했다는 일부 지적이 제기되기도 했다.

이에 기획처와 과기정통부 과학기술혁신본부는 R&D 예산편성 과정에서 사전 협의와 공동 검토를 강화하기로 했다.

이번 개편의 핵심은 기술적 전문성 검토와 재정 운용 원칙을 조화롭게 반영할 수 있게 두 부처가 초기 단계부터 충분히 논의하고 책임을 공유하는 협력체계를 구축하는 것이다.

먼저 기획처와 과기부 과학기술혁신본부 간 협력과 소통 채널을 제도화하기 위해 R&D 예산 협의회를 신설한다.

그동안 두 부처의 소통이 실무 차원의 비공식 논의에 주로 의존하면서 주요 쟁점에 대한 협의가 체계적으로 이루어지기 어려웠다는 지적이 있었다.

이에 따라 앞으로는 국장급 상설 협의체를 월 1회 정례적으로 운영해 정부 R&D 중점 투자 방향, 지출 효율화 방안, 신규사업 검토 등 의제를 시기별로 폭넓게 논의할 계획이다.

아울러 주요 사안에 대해서는 기획처 차관과 과학기술혁신본부장 간 차관급 협의도 진행해 협력관계가 제도적으로 더 안정적이고 예측 가능한 구조로 전환될 것으로 기대된다.

이어서 두 부처 예산편성 과정에 상호 참여를 확대한다.

그동안 부처 간 역할 분담이 오히려 칸막이로 작용해 예산편성 절차가 분절적으로 운영되어 왔다는 지적이 있었다.

이에 따라 우선 과학기술혁신본부가 주요 R&D 예산 배분·조정안을 마련하는 과정에 기획처가 참여할 수 있게 한다.

구체적으로 국가과학기술자문회의 산하 전문위원회가 각 부처 제출 R&D 사업에 대한 심층 검토와 자문을 수행하는 과정에 기획처도 참여해 각 사업의 내용과 전략적 필요성에 대한 이해도를 높여 나갈 계획이다.

더불어 기획처 예산편성 과정에서도 과학기술혁신본부 의견이 반영될 수 있게 한다.

기획처는 자문회의를 거쳐 제출된 주요 R&D 배분·조정안을 수립할 때 신설하는 상설 협의체 등을 통해 과학기술혁신본부와 사전에 충분히 논의하고 의견을 반영할 계획이다.

이와 함께 R&D 신규사업 관리 체계도 개선한다.

그동안 일부 부처와 지방정부가 과학기술혁신본부 검토 단계에서 제출되지 않은 사업을 기획처 편성 단계에서 제출하는 사례�� 있었다.

이에 따라 앞으로는 기획처 편성 단계에서 과학기술혁신본부 배분·조정안 마련 과정에서 검토되지 않은 신규사업 요구는 원칙적으로 제한할 계획이다.

이러한 신규사업 요구는 국가 정책적으로 중요하거나 시급한 사안에 한해서만 예외적으로 허용하며, 이 경우에도 적정 사업 규모 등에 대해 자문회의 검토를 받게 해 R&D 투자의 책임성과 투명성이 더욱 강화될 것으로 기대된다.

이번 개선방안은 내년 예산안 편성 과정부터 적용하며, 두 부처는 앞으로도 늘어나는 R&D 투자가 더욱 효율적으로 이루어지도록 R&D 예산편성 과정에서 상호 역할을 존중하며 긴밀히 협력해 나갈 계획이다.

문의 : 기획예산처 과학기술혁신예산과(044-214-2770), 과학기술정보통신부 연구예산총괄과(044-202-6820)